主要分以下幾點不同：
一、兩者的作用不同：

1、超凈工作臺的作用：通過風機將空氣吸入預過濾器，經由靜壓箱進入高效過濾器過濾，將過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態送出，使操作區域達到百級潔凈度，保證生產對環境潔凈度的要求。

2、生物安全柜的作用：是防止實驗操作處理過程中某些含有危險性或未知性生物微粒發生氣溶膠散逸的箱型空氣凈化負壓安全裝置。

二、兩者分類不同：

1、超凈工作臺的分類：主要分兩類，一類是水平層流，另一類是垂直層流。根據操作結構分為單邊操作及雙邊操作兩種形式；

2、生物安全柜的分類：按照NSF49標準，生物安全等級1級（P1）的媒質是指普通無害細菌、病毒等微生物；生物安全等級2級（P2）的媒質是指一般性可致病細菌、病毒等微生物；生物安全等級3級（P3）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；

生物安全等級4級（P4）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，感染后不易治愈。此標準將生物安全柜分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級，可適用于不同生物安全等級媒質的操作。

三、兩者的用途不同：

1、超凈工作臺的用途：超凈工作臺是一種提供局部無塵無菌工作環境的單向流型空氣凈化設備。適用于醫藥衛生、生物制藥、食品、醫學科學實驗、光學、電子、無菌室實驗、無菌微生物檢驗、植物組培接種等需要局部潔凈無菌工作環境的科研和生產部門。

也可連接成裝配生產線具有低噪聲、可移動性等特點。它的使用對改善工藝條件,提高產品質量和增大成品率均有良好效果。

2、生物安全柜的用途：廣泛應用于微生物學、生物醫學、基因工程、生物制品等領域的科研、教學、臨床檢驗和生產中，是實驗室生物安全中一級防護屏障中最基本的安全防護設備。